PCR擴增儀是分子診斷實驗室的重要工具，直接影響臨床檢測結果的準確性、重復性、甚至工作效率。PCR儀器的選擇和維護與保養，是實驗室質量保證的關鍵環節。
臨床分子診斷實驗室多采用有批文的試劑盒，除了特殊項目或科研檢測，臨床常規項目對儀器配置要求并不高，因此故障發生率低、孔間重復性能好、界面操作和分析簡單等性能應該列為PCR機型的選擇參數。
目前多數實驗室的PCR擴增儀以進口為主，由于是英文操作界面，實驗室操作人員不能熟練操作和分析是普遍現象，有時給工作帶來不便甚至差錯，因此選擇“接地氣”和“親民”的實用型熒光PCR儀，是實驗室質量和效益的需求。
進口PCR儀器多注重科研參數的實現，有時與臨床應用無關，多數性能處于睡眠狀態，不但是嚴重資源浪費，而且進口PCR儀器多為上部采集熒光信號，PCR擴增曲線的顏值與側面采光的PCR儀相比，明顯處于劣勢，如果不是開展4色熒光或科研項目，臨床實驗室選擇昂貴的進口PCR儀器，既不明智也不實用。
近年國產PCR的性能有大幅度提升，有的國產PCR儀性能已經超越多數進口儀器，應該成為臨床分子實驗室的選擇。
PCR擴增儀的保養：
所有的儀器都會隨著使用時間的延長容易出現故障或性能下降，PCR儀器的工作原理是以熱模塊為基礎的熒光信號倍增獲得結果，因此熱模塊和光路的維護便顯得十分重要。PCR擴增管在實驗操作過程中，都會不同程度的沾有塵埃或污漬，熱模塊沾污納垢，導致熱傳導或均一性下降。
因此定期清潔是PCR儀獲得持續質量保證的重要條件，清潔方法應在儀器廠家技術人員進行或經培訓后科學操作。光學模塊必須由儀器廠家進行定期檢查和維護。
特別是熱蓋和熒光采集鏡頭一體的PCR擴增儀，隨著使用頻次的增加，采光鏡頭容易出現“鏡頭起霧”現象，嚴重影響光信號采集，導致熒光信號的下降，甚至導致假陰性。
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